بازخوانی زندگی و کارنامه مبارزاتی سیدمصطفی خمینی
نابغه حوزه، مهجه امام
در مسیر انقلاب اسلامی کمتر کسی پیدا می‌شود که از ابتدا در حلقه صفر یاران امام خمینی بوده باشد. سیدمصطفی خمینی، فرزند بزرگ ایشان را می‌توان اولین و نزدیک‌ترین یار و همراه امام در راه مبارزه با رژیم پهلوی دانست؛ فرزندی که به گواه عام و خاص از ابتدا وجوه نبوغ در او دیده شد و مراحل و مدارج علمی در علوم معقول و منقول را با سرعت زیادی طی کرد؛ نابغه‌ای که در اوج جوانی به مقام اجتهاد رسید و به گواه حاضرین صدای ان‌قلت و اشکال و استشکالش سر درس پدرش همیشه بلند بودهاست(خاطرهای از مقام رهبری). با این‌حال بازوی اجرایی پدرش در مسیر مبارزات بوده و تا زمان مرگش، مؤثرترین فرد در پیشبرد نهضت امام بوده است.
تولد و تحصیلات مقدماتی
سیدمصطفی خمینی، فرزند اول روحالله خمینی، متولد ۲۱ آذر ۱۳۰۹ در قم بود. نام او را به یاد پدرِ امام، مصطفی نهادند. او تحصیلات خود را تا پنجم ابتدایی در دبستان‌های باقریه و سنایی طی کرد و دروس حوزوی را در ۱۴سالگی آغاز کرد. به علت علاقه و استعداد درخشان توانست طی مدت دو سال و چند ماه کتاب‌های سیوطی، حاشیه ملاعبدالله، معالم‌الاصول، شمسیه، مطول و بخشی از شرح لمعه را به پایان برساند.
تحصیلات عالی و اجتهاد؛ نبوغ و شجاعت علمی
وی در 17سالگی، پس از پایان دوره مقدماتی حوزه معمم شد. دوره سطح حوزه را به مدت پنج سال نزد آیات مرتضی حائری‌یزدی، محمدجواد اصفهانی، شهید محمد صدوقی و سیدمحمدباقر سلطانی فرا گرفت. سیدمصطفی ضمن اشتغال به فراگیری فقه و اصول، فلسفه را نیز نزد آیت‌الله سیدرضا صدر آغاز کرد و منظومه ملاهادی‌سبزواری را نزد او فرا گرفت و خود نیز به تدریس آنها در مدرسه حجتیه قم پرداخت. پس از آن جهت فراگیری «اسفار» به حوزه درس سیدابوالحسن رفیعی‌قزوینی و علامه طباطبایی روی آورد. او در 21سالگی در درس خارج آیات عظام سیدحسین طباطبایی‌بروجردی و سیدمحمد حجت‌کوه‌کمری حضور یافت. نزدیک به سیزده سال فقه و اصول را نزد امام خمینی فرا گرفت و از درس آیت‌الله سیدمحمد داماد نیز بهره گرفت. در آن زمان مرحوم آیت‌الله‌العظمی بروجردی امتحانی را در سطح طلاب شاخص حوزه علمیه قم گذاشته بودند که پس از اعلام نتایج، حاج‌آقا مصطفی یکی از چهار نفر طلبه ممتازی بود که معرفی شد. سیدمصطفی پس از تلاش فراوان در ۲۷سالگی به درجه اجتهاد رسید. اجازه اجتهاد او از طرف امام خمینی بود. آیت‌الله حاج سیدرضا بهاءالدینی که سالیان طولانی با ایشان حشر و نشر داشت، او را جامع معقول و منقول و سیاست اسلامی و دینی در جوانی و از نوادر و نوابغ زمان خود و همه اعصار می‌دانست.
آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای درمورد شجاعت علمی سیدمصطفی می‌گوید: «حاج‌آقا مصطفی از لحاظ جرأت علمی آدم باجرأتی بود. من یادم نمیرود اشکالات ایشان را سرِ درس امام؛ ایشان سرِ درس اصول امام اشکال می‌کرد؛ عقب هم می‌نشست و فریاد میکشید؛ تماشایی بود برخورد این پدر با پسر! اشکال می‌کرد به امام؛ وقتی هم می‌خواست اشکال کند، یک‌خُرده بلندتر می‌نشست -یک‌جوری می‌نشست که خیلی چهره [معلوم باشد]، بلند بود، شاخص بود- داد میکشید. امام سرِ درس داد میکشیدند، خیلی از اوقات فریاد میزدند؛ به‌خصوص کسانی که در اشکال، پیگیری می‌کردند، امام همین‌طور گاهی سرشان داد میکشیدند؛ امام هم همین‌طور متقابلاً با این پسر [بلند حرف می‌زد] و بحث می‌شد.»
سیدمصطفی در سال ۱۳۴۰ در مدرسه حجتیه قم به تدریس اصول، فقه و فلسفه (منظومه سبزواری) پرداخت. اسفار ملاصدرا را برای جمعی از طلاب تدریس کرد و حاشیه‌ای نیز بر آن نوشت. در دوران تبعید، پس از انتقال از ترکیه به عراق، در نجف بخشی از وقت خود را به تدریس خارج اصول اختصاص داد. در مدت توقف 12ساله در حوزه نجف سیدمصطفی به بهره‌گیری از حضور آیات عظام و مراجع تقلید حوزه علمیه نجف، سیدابوالقاسم خویی، سیدمحمود شاهرودی و سیدمحسن حکیم پرداخت و در کلاسهای درس آیت‌الله سیدحسن بجنوردی نیز حضور پیدا کرد.
با اینکه سیدمصطفی هنوز جوان بود، ولی دیری نپایید که در زمینه‌های تحقیق و تألیف استعداد خود را نشان داد. از جمله کتاب‌های او می‌توان به «القواعد الحکمیه (حاشیه براسفار ملاصدرا)»، «حاشیه بر شرح هدایة ملاصدرا»، «حاشیه بر مبدأ و معاد ملاصدرا»، «کتاب‌البیع» (این کتاب در سه جلد بوده؛ ولی در حال حاضر فقط جلد اول و بحث ولایت فقیه از جلد دوم آن موجود است)، «کتاب‌الاجاره»، «مستند تحریرالوسیله»،«الحاشیة علی‌العروة الوثقی»،«تطبیق هیئت جدید بر هیئت و نجوم اسلامی»، «تفسیرالقرآن الکریم (۴ جلد)»، «الفوائد و العوائد» اشاره کرد.
مصطفی در سال ۱۳۳۵ شمسی با معصومه حائری دختر آیت‌الله مرتضی‌حائری‌یزدی ازدواج نمود. اولین فرزند آنها محبوبه بود که به جهت ابتلا به بیماری مننژیت درگذشت. دومین فرزند سیدحسن است که اکنون در قم مشغول علوم دینی است. سومین فرزند آنها مریم است که تا دوره دکترا تحصیل کرده است. او فرزند تازه متولدی نیز داشته که طبق گفته همسرش، هنگام حمله ماموران شاه به خانه، او جان خود را از دست داده است.
آغاز فعالیت‌های سیاسی؛ آشنایی با فدائیان اسلام
سیدمصطفی قبل از شروع نهضت امام خمینی تا حدودی با جریان‌های سیاسی جامعه آشنایی داشت و نسبت به جریان‌های مذهبی همفکری و گرایش داشت؛ از جمله جمعیت فدائیان اسلام. سیدمصطفی با نواب صفوی رهبر این جمعیت آشنا بود و در جلسات آن شرکت می‌کرد. با نفر دوم این جمعیت نیز که عبدالحسین واحدی بود، ارتباط دوستانه و نزدیکی داشت. آشنایی و ارتباط سیدمصطفی با بنیانگذاران جمعیت فدائیان اسلام، موجب شد که از همان دوره جوانی توجه خاصی به مبارزه با رژیم پهلوی داشته باشد. او در سرنگونی حکومت پهلوی با دیگر گروه‌ها و جمعیت‌های سیاسی اشتراک‌نظر داشت. با این حال انگیزه‌های متفاوت و مستقلش مانع همکاری او با بسیاری از این گروه‌ها بود. او صریحاً مخالف همکاری با جریان‌های غیرمذهبی مخالف رژیم بود. همچنین او از اولین کسانی بود که برای تحقق عملی اندیشه حکومت اسلامی تلاش کرد و رساله «الاسلام و الحکومه» را در این زمینه نگاشت.
قیام پانزده خرداد
به‌دنبال سخنان امام خمینی در عصر عاشورای سیزدهم خرداد ۱۳۴۲ در مدرسه فیضیه، رژیم شاه تصمیم به دستگیری و بازداشت او گرفت. مأموران رژیم نیمه‌شب ۱۵ خرداد منزل امام(ره) را به محاصره درآورده، ایشان را دستگیر و بلافاصله به تهران منتقل کردند. در تهران ابتدا به باشگاه افسران بردند و در سلولی انفرادی زندانی کردند و ساعاتی بعد به پادگان قصر (بی‌سیم) انتقال داده و با صدور قرار بازداشت موقت، زندانی کردند. گرچه مصطفی از ابتدای نهضت امام با ایشان و در کنار ایشان بود؛ ولی از این پس حضور وی در صحنه نهضت امام، وارد مرحله نوینی شد. از ساعات اولیه بامداد، مأموریت سنگین خود را در غیاب امام خمینی شروع کرد. از یک سو باید برای آزادی امام تلاش می‌کرد و از دیگر سو شبکه نهضت اسلامی را فعال نگه می‌داشت و افزون برآنها مدیریت بیت امام را برعهده می‌گرفت. در دوازدهم مرداد ۱۳۴۲ امام خمینی از بازداشتگاه خارج و به منزلی در داوودیه تهران و پس از مدتی به قیطریه انتقال یافت. از این تاریخ به بعد بود که سیدمصطفی اجازه ملاقات و ارتباط مستقیم با امام را پیدا کرد.
ساواک بیش از این نتوانست نظاره‌گر تلاشها و اقدامات حاج‌آقا مصطفی باشد به همین جهت طی دستوری شهربانی را موظف به احضار او کرد. سیدمصطفی در اعتراض به این اقدام به ملاقات آیت‌الله‌العظمی سیدمحمدهادی میلانی رفت. مأموران ساواک کلیه تحرکات و اقدامات مصطفی را تحت مراقبت شدید قرار داده و گزارش می‌کردند. حتی ساعت مسافرت وی به قم و نوع وسیله نقلیه را در گزارش خود، آورده‌اند. ساواک در تاریخ شانزدهم فروردین ۱۳۴۳، با آزادی امام خمینی موافقت کرد و ایشان روانه قم شدند. سیدمصطفی به ساماندهی امور مختلف در مسیر پیشبرد نهضت پرداخته، برای رسیدن به اهداف موردنظر تلاش می‌کرد. نمونه‌ای از اقدامات وی، سازماندهی و پشتیبانی از نهضت امام در منطقه خلیج‌فارس است که ساواک توانست به آن پی ببرد. مجموعه گزارش‌های ساواک در مورد مسافرت سیدمصطفی به شهرهای اصفهان، مشهد و خمین حاکی از حساسیت ساواک نسبت به ایشان است.
لایحه کاپیتولاسیون
لایحه کاپیتولاسیون که در آن رئیس و اعضای هیئت‌های مستشاری نظامی و کارمندان اداری و فنی آمریکایی و خانواده‌هایشان در ایران از مصونیت و معافیت قضایی برخوردار می‌شدند، در خرداد ماه ۱۳۴۳ توسط دولت حسنعلی منصور مطرح و سوم مرداد همان سال در مجلس سنا به‌عنوان یکی از بندهای الحاقی به قرارداد وین تصویب شد. البته پس از آن هم، این لایحه یک بار در ۲۱ مهر ۱۳۴۳ در مجلس شورای ملی مطرح و تصویب شد. امام خمینی پس از اطلاع از قانون مزبور اعلام کردند که در این زمینه در چهارم آبان ۱۳۴۳ سخنرانی می‌کنند. مقامات دولتی وقتی از این تصمیم باخبر شدند، از طرق مختلف دست به تهدید امام و سیدمصطفی زدند. در برابر این تهدیدات مصطفی با قاطعیت پاسخ داد:«آیت‌الله خمینی به وظیفه خودشان هر جور که صلاح بدانند عمل می‌کنند، این‌گونه حرف‌ها هم نمی‌تواند ایشان را در اجرای وظیفه و رسالتی که برعهده دارند، به تجدیدنظر وا دارد.»
امام خمینی در موعد مقرر نطق تاریخی خود را در برابر جمعیتی نزدیک به شش هزار نفر ایراد کرد. همچنین با انتشار اعلامیه‌ای از کاپیتولاسیون به عنوان «سند بردگی ملت ایران» نام بردند. سخنرانی و اعلامیه امام واکنش‌های خشم‌آلود مقامات سیاسی و امنیتی رژیم را برانگیخت. آنان تصمیم گرفتند، امام را به ترکیه تبعید کنند. بنابراین در نیمه‌شب سیزدهم آبان ۱۳۴۳ ایشان را دستگیر و پس از انتقال به تهران، بلافاصله به ترکیه تبعید کردند. مصطفی در ساعات اولیه روز سیزدهم آبان ۱۳۴۳ راهی خانه علما و مراجع از جمله آیت‌الله میرزاهاشم آملی و آیت‌الله نجفی‌مرعشی شد. شهربانی قم هم، با هماهنگی ساواک در ساعت ۱۰:۱۵ صبح ایشان را دستگیر و همان روز روانه ساواک قم کرد. سیدمصطفی پس از انتقال به تهران در زندان قزل‌قلعه بازداشت شد. روز چهاردهم آبان ۱۳۴۳ شعبه ۷ بازپرسی دادستانی ارتش، قرار بازداشت موقت وی را صادر کرد. او پس از رؤیت حکم صادره در ذیل آن چنین نوشت: «بسمه‌تعالی. به اصل قرار و کیفیت بازداشت و به قرار بازداشت‌کننده شدیداً معترضم. سیدمصطفی خمینی». شعبه ۷ بازپرسی دادستانی ارتش در تاریخ ۲۳/۸/۱۳۴۳ قرار بازداشت را که توسط دادگاه عادی شماره یک اداره دادرسی ارتش مورد تأیید قرار گرفته بود، به ریاست ساواک اعلام و برهمین اساس ترتیب بازداشت او ادامه پیدا کرد و به مدت ۵۷ روز در زندان قزل‌قلعه به سر برد. هنگامی که امام خمینی در شهر بورسای ترکیه استقرار پیدا کرد، بدون اینکه از دستگیری سیدمصطفی مطلع باشد در تاریخ ۱۹/۸/۱۳۴۳ وی را به‌عنوان وکیل تام‌الاختیار خود تعیین نمود. رژیم پهلوی قصد داشت با زندانی کردن مصطفی خمینی، در میان مبارزان و مجاهدان نهضت امام خمینی رعب و وحشت ایجاد و ارتباط آنان را با امام و فرزندش به یکباره قطع کند و ادامه نهضت را با مشکل مواجه سازد. در مقابل، سیدمصطفی نیز با هوشیاری و درایت در تلاش بود تا به طرق مختلف این اتصال و همبستگی را حفظ کند. بنابراین در تاریخ ۴/۹/۱۳۴۳ وقتی از حکم پدر اطلاع پیدا کرد، طی نامه‌ای از زندان، شهاب‌الدین اشراقی را از جانب خود برای انجام مسائل مقلدین امام، وکیل و نماینده خود معرفی می‌کند و این‌گونه حضور معنوی امام خمینی را در میان مردم همچنان پابرجا و مستمر نگاه می‌دارد. مصطفی در مدت بازداشت در زندان هیچ درخواستی را جز رفتن به نزد امام خمینی در ترکیه مطرح نکرد. هدف وی از این درخواست عزیمت نزد امام و کسب تکلیف از او بوده است. ضمن اینکه در آن شرایط همگان به‌ویژه ایشان برای سلامت امام و احتمال خطر جانی برایش نگران بودند. بنابراین از هر طریق ممکن می‌کوشید اطلاعی در این خصوص به‌دست آورد.
مقامات ساواک فکر می‌کردند که دور شدن سیدمصطفی از کانون نهضت یعنی قم و حتی تهران، به احتمال زیاد به روند نهضت لطمه جدی وارد خواهد کرد. به همین جهت با آزادی سیدمصطفی از زندان به شرط تبعید به ترکیه موافقت کردند. سیدمصطفی در ساعت شش بعدازظهر، تاریخ ۸/۱۰/۱۳۴۳ از زندان قزل‌قلعه آزاد شد. همزمان اداره دادرسی ارتش نیز قرار بازداشتش را به قرار التزام عدم خروج از حوزه قضایی تهران تبدیل و طی نامه‌ای به ساواک اعلام کرد. او بلافاصله پس از آزادی عازم قم شد.
تبعید اول؛ ترکیه
همان‌طور که گفتیم، شرط آزادی سیدمصطفی از زندان این بود که بعد از دیدار با خانواده‌اش در قم، در ترکیه به امام خمینی ملحق شود. وی پس از ورود به قم و مشورت با برخی از آیات عظام، از این سفر منصرف شد. آیات عظام به این دلیل که این تبعید براساس خواست و مصلحت حکومت پهلوی و به منظور دور کردن سیدمصطفی از کانون نهضت و جلوگیری از تداوم آن در غیاب رهبری نهضت و فعالیت مؤثر وی بود، با آن موافق نبودند. ضمن اینکه او پس از اطلاع از جریان اعزام نماینده روحانیون (سیدفضل‌الله خوانساری) به ترکیه و ملاقات با حضرت امام و مکاتبه امام با مراجع و خانواده، نگرانی‌هایش نسبت به شرایط جسمی و امنیتی امام برطرف شد.
مأمورین ساواک به دستور ریاست ساواک تهران، حاج‌آقا مصطفی را از لحظه آزادی تحت‌نظر داشتند. آنها از این نکته مهم آگاه بودند که اگر او به مدت طولانی در قم بماند، چون ماه رمضان نیز نزدیک بود، در این ماه تبلیغات گسترده‌ای به نفع امام خمینی صورت خواهد گرفت؛ بنابراین در متقاعد کردنش برای تغییر تصمیم و رفتنش به ترکیه سعی بسیار کردند اما چون به نتیجه‌ای نرسیدند، پنج روز پس از آزادی از زندان، دوباره او را دستگیر و بلافاصله به تهران منتقل کردند. او شب را در باشگاه نخست‌وزیری سپری کرد و فردای آن روز با هواپیما به استانبول فرستاده شد. از استانبول نیز به محل تبعید امام در شهر بورسا انتقال یافت. .در ترکیه به دلایل مختلفی امکان ارتباط با امام و سیدمصطفی محدود و در نتیجه فعالیت‌های سیاسی کاهش و فعالیت‌های علمی امام و سیدمصطفی افزایش یافت که ثمره آن تدوین چند کتاب فقهی است که قبلاً به آنها اشاره شد.
پس از چند ماه توقف در ترکیه باتوجه به دوری امام خمینی از ایران برای حفظ گسترش شبکه اطلاع‌رسانی و ارتباطی آن، بازگشت سیدمصطفی به ایران مطرح شد. امام نیز به‌طور کامل با این کار موافق بودند. در این زمان، حکومت پهلوی تحت فشارهای فزاینده افکار عمومی و اعتراضات روزافزون مبارزین، به‌ویژه روحانیون در مورد پایان دادن به تبعید امام و سیدمصطفی، قرار داشت و در جست‌جوی یافتن راه‌حلی برای دور شدن از این بحران بود. سیدمصطفی با درک این موقعیت، سعی کرد از طریق رئیس سازمان امنیت بورسا، مقامات ساواک را برای بازگشت به ایران متقاعد کند. ساواک هم به دلیل فشارهای داخلی و هم مکاتبات و گفت‌وگوهای رئیس سازمان امنیت بورسا؛ ابتدا با درخواست سیدمصطفی با تعیین شروطی موافقت نشان داد؛ البته آنان با پیش کشیدن شرط‌های دشوار، سعی می‌کردند سیدمصطفی را منصرف کنند. او می‌خواست با بهانه بی‌‌اطلاعی از خانواده و ناراحتی امام در این باره اجازه بازگشت به ایران و یا رفت و آمد آزادانه بین ایران و ترکیه را از مقامات ایرانی به دست آورد. به‌دنبال گفت‌وگو و مکاتبه مقامات سازمان امنیت ترکیه با دولت ایران، رئیس ساواک با درخواست سیدمصطفی با طرح شروطی موافقت کرد.
سیدمصطفی تلاش می‌کرد، با توجه به خلأ حضور حضرت امام در کانون مبارزه «حوزه علمیه قم» و برای پیشبرد اهداف نهضت اسلامی و منویات امام خمینی حتی‌الامکان به ایران برگردد. بنابراین او با برخی از شرایطی که از سوی مقامات امنیتی طرح شده بود، موافقت کرد، این در حالی بود که رئیس ساواک برای ممانعت از ورود او شرایط بسیار سختی را در برابرش قرار داد.
تبعید دوم؛ عراق
درست در ایامی که شاه و مقامات ساواک تلاش می‌کردند، از پذیرش بازگرداندن سیدمصطفی سرباز زنند و جریان آن را مشمول مرور زمان کنند، نیروهای مبارز داخل ایران طی نامه‌ها، تلگراف‌ها و طومارهای متعدد برای مقامات و نهادهای حکومتی دولت ترکیه از جمله ریاست‌جمهوری، دولت و مجلس آن کشور و همچنین با مراجعات مکرر به سفارتخانه‌های ترکیه در کشورهای مختلف نسبت به تبعید امام و سرنوشت ایشان ابراز نگرانی و به دولت ترکیه اعتراض کردند. دولت ترکیه با مشاهده و دریافت این پیام‌ها خود را در تنگنای سیاسی شدیدی احساس کرد. برهمین اساس، رژیم ایران را تحت فشار قرار داد تا امام و سیدمصطفی را به جای دیگری منتقل کنند و از اواسط سال ۱۳۴۴ برای مقامات رژیم پهلوی مسلم شد که باید این مسئله را هر چه سریع‌تر برای دولت ترکیه حل کنند؛ واکنشی که رژیم پهلوی در مقابل تلاش‌های سیدمصطفی برای بازگشت به ایران نشان داده بود، بیانگر آن بود که بازگرداندن او به ایران کاملاً منتفی است؛ و حکومت وقت تصمیم به انتقال او به کشوری دیگر گرفت. سرانجام ۱۳ مهر ۱۳۴۴ سیدمصطفی به همراه امام وارد بغداد و بعد کاظمین و پس از آن نجف شدند. برخورد و ارتباط فرزند امام خمینی در طول اقامت دوازده‌ساله‌اش در عراق با دولت آن کشور، همسو و هماهنگ با مشی امام بود.
با استقرار امام و سیدمصطفی مرحله دیگری از نهضت اسلامی شروع شد که متفاوت‌تر از دوره‌های قبل بود. در این مرحله، سیدمصطفی پس از امام، نقش اول را در هدایت نهضت اسلامی برعهده داشت. در این دوره که حدود سیزده سال به طول انجامید، در دوازده سال آن، او حلقه اتصال اجزای نهضت اسلامی در ایران و نقاط جهان، با کانون آن در نجف بود.
به‌طور مسلم قبل از تبعید امام خمینی و سیدمصطفی به نجف، بین مبارزین ایرانی با گرایش‌های فکری اسلامی و گاهی غیراسلامی، ارتباط‌هایی وجود داشته، ولی از انسجام و استحکام لازم برخوردار نبوده است. در مقاطعی، حتی نیروهای چپگرا و مخالفین رژیم پهلوی با گرایش‌های غیراسلامی نیز سعی فراوانی به عمل آوردند که از حمایت امام برخوردار شوند. حاج‌آقامصطفی یکی از مهم‌ترین و سخت‌ترین نقش‌ها را در ایجاد و برقراری رابطه با مبارزان علیه حکومت پهلوی در سطوح مختلف برعهده گرفت. محوریت و مرکزیت ارتباط‌های سیدمصطفی، با مبارزین مسلمان بود.
اقدام برای نشر افکار انقلابی و اندیشه‌های امام خمینی از طریق توزیع رساله عملیه، اعلامیه‌ها، پیام‌ها، نامه‌ها و نشر سخنان آن حضرت در ایران و سایر کشورها از طریق شبکه مبارزین صورت می‌گرفت. راهنمایی یاران امام، استفاده و اغتنام فرصت‌ها از طریق یاران ایشان و مشورت با آنها در مواقع ضروری و مقتضی، دریافت و پرداخت کمک‌های مالی، دریافت وجوه شرعی و غیره، غالباً برعهده حاج‌آقامصطفی بود؛ عمده‌ترین انگیزه سفرهای متعدد سیدمصطفی به کشورهای اسلامی از جمله عربستان سعودی، سوریه و لبنان ارتباط با مبارزین مسلمان و راهنمایی آنها و حتی ترویج اندیشه آموزش نظامی و مبارزه مسلحانه بود که در بسیاری موارد در قالب زیارت دو طرف انجام می‌گرفت. بدین ترتیب پس از امام خمینی، محور نهضت اسلامی، حاج‌آقامصطفی بود. سیدمصطفی به مبارزینی که حول محور نهضت امام و متناسب با اهداف مبارزاتی و تفکر ایشان بودند و به صحت گفتار و کردار آنها اطمینان داشت، مأموریت‌هایی را در راستای نهضت اسلامی محول می‌کرد. البته این مأموریت‌ها به‌نوعی از سوی امام نیز به حساب می‌آمد. برخی مأمور انتقال وجوه شرعی از ایران به نجف بودند و گاهی این انتقال از طریق کشور اسلامی ثالثی مثل عربستان سعودی، لبنان یا سوریه صورت می‌گرفت و گاهی نیز مستقیماً با سفر یاران امام و دوستان سیدمصطفی به نجف عملی می‌شد. مأموریت‌های سیاسی و اجتماعی هم به همین طریق انجام می‌گرفت. بخشی از فعالیت‌های سیاسی سیدمصطفی، پس از انتقال به عراق، سفر به کشورهای اسلامی بود. این سفرها معمولاً در ماه‌های فصل تابستان و گاهی نیز در موسم حج صورت می‌گرفت. جنبه اصلی این سفرها، فعالیت سیاسی برای تداوم نهضت امام خمینی بود (ولی گاهی هم جنبه زیارتی و سیاحتی داشت). سیدمصطفی برای آموزش نظامی، اهمیت زیادی قائل بود. خود او نیز آموزش‌هایی دیده بود و به مبارزین و روحانیون ایران در نجف توصیه می‌کرد که در پایگاه‌های الفتح در جنوب لبنان یا سوریه، آموزش ببینند. در این بین، برخی مسائل مربوط به نهضت باتوجه به تنگناهای موجود در فضای سیاسی عراق به آسانی قابل رسیدگی و حل و فصل نبود؛ اما در فضای کشورهایی چون سوریه و لبنان و با ارتباطاتی که از طریق مبارزینی که به آن کشورها سفر می‌کردند، پیشبرد امور مبارزاتی، سهل و ممکن شد. در این ارتباطها، اطلاعات مربوط به نهضت مبادله می‌شد و نهضت تقویت و تداوم می‌یافت.
شهادت یا فوت؟
سیدمصطفی خمینی در سحرگاه یکشنبه اول آبان ماه ۱۳۵۶ در سن ۴۷سالگی در نجف به‌طور ناگهانی و مرموز در خانه خود درگذشت. اولین کسی که از این واقعه آگاه شد و دیگران را نیز مطلع نمود، خادمه منزل او به نام صغرا خانم بود. معصومه حائری‌یزدی، همسر سیدمصطفی، دومین نفری بود که از درگذشت شوهرش مطلع شد. او در این زمینه گفتهاست: «حاج‌آقامصطفی مردی بسیار قوی و از سلامت کامل برخوردار بود، هیچ‌گونه ناراحتی و بیماری نداشت، به همین دلیل برخلاف آنچه شایع کردند سکته قلبی، خیلی بعید به نظر می‌رسید.»
سیدمحمود دعایی که نفر سومی بوده که بالای جسد او حاضر می‌شود، مرگ او را غیرطبیعی دانسته و از خودروی پلاک تهرانی در خارج از بیمارستان صحبت کرده است که پس از اعلام خبر درگذشت سیدمصطفی، عازم بغداد شده است. مشابه این روایت را سیدرضا برقعی نیز نقل کرده است. سیداحمد خمینی نیز مرگ او را غیرطبیعی دانسته و گفته است: «همین قدر می‌توانم بگویم که وی چند ساعت قبل از شهادت، در مجلس فاتحه‌ای شرکت می‌کند که در آنجا بعضی از ایادی رژیم پهلوی دست‌اندرکار دادن چای و قهوه در مجلس بوده‌اند.»
با توجه به اینکه مرگ مشکوک سیدمصطفی کمی پس از مرگ مشکوک علی شریعتی بود، عده‌ای مرگ او را همچون مرگ شریعتی به رژیم پهلوی نسبت دادند. پزشکی قانونی عراق به دلیل شبهه‌ناک بودن فوت او، برای احراز علت فوت می‌خواست جسدش را کالبدشکافی کند، اما امام خمینی با این کار موافقت نکرد؛ علاوه براین امام در پاسخ به پیام‌های تسلیت از لفظ مرحوم برای پسرش استفاده می‌کرد و نه شهید. این دو مورد باعث می‌شود اما و اگرها درباره نوع مرگ او مسکوت باقی بماند و حتی به شبهات نیز دامن بزند. به هر حال امام خمینی پیام کوتاهی درپی درگذشت او صادر کرد و در آن نیز اشاره‌ای به شهادت نکرد:«انالله و اناالیه راجعون/در روز یکشنبه نهم ذی‌القعده الحرام ۱۳۹۷، مصطفی خمینی نور بصر و مهجه قلبم دار فانی را وداع گفت و به جوار رحمت حق تعالی رهسپار شد. اللهم ارحمه و اغفر له واسکنه الجنه بحق اولیائک الطاهرین علهم الصلوه و السلام.»
مراسم ترحیم سیدمصطفی خمینی در سراسر کشور برگزار شد و فرصت مغتنمی بود تا دیدگاه‌های امام خمینی به گوش مردم برسد. مراسم چهلم نیز به بلندگویی برای ابراز مخالفت با حکومت بدل و شعارهایی علیه شاه سرداده شد. این اعتراض‌ها به حدی رسیده بود که خبرنگار روزنامه لوموند در شانزدهم اردیبهشت‌ماه ۱۳۵۷، از امام خمینی پرسید: «فکر می‌کنید فرزند شما به قتل رسیده؟ اگر چنین نیست، چرا مرگش باعث انفجار و تظاهرات شده؟» امام خمینی نیز در پاسخ گفتند: «من با قطع و یقین نمی‌توانم بگویم چه اتفاقی افتاده، ولی می‌دانم که وی شب قبل از درگذشتش صحیح و سالم بود و مطابق گزارش‌هایی که به من رسیده اشخاص مشکوکی آن شب حادثه به خانه وی رفته‌اند و فردای آن شب فوت کرده است، چگونه؟ من نمی‌توانم اظهارنظری بکنم... مسلماً مردم خدمتگزار خود را دوست می‌دارند و مرا و نیز پسرم را خدمتگزار خود می‌دانند... مطلب اصلی و اساسی، پسر من نیست، مسئله اساسی عصیان و شورش همه مردم ضد ستمگرانی است که به آنها ستم می‌کنند.»
